Bajo el Templo de San José se localizan criptas con sepulturas que datan de mediados del siglo XIX y de las primeras décadas del siglo XX. Se trata de un espacio subterráneo de acceso reducido, con pasillos estrechos y condiciones de iluminación limitadas, que forma parte del patrimonio histórico del Centro de Morelia.

En este sitio se encuentran tumbas correspondientes a distintas épocas y generaciones, las cuales han sido afectadas por la humedad y el paso del tiempo. Debido a sus condiciones físicas y a antecedentes de daños, el acceso a las criptas no se encuentra abierto de manera regular al público.

Actualmente, la entrada solo se autoriza en fechas específicas, como el 2 de noviembre, o mediante permisos especiales. Para la realización de esta galería se contó con la autorización del padre Fernando Trujillo y el acompañamiento del sacristán José Ávila.

Fuera de estas excepciones, las criptas permanecen cerradas y bajo resguardo, como uno de los espacios menos visibles del Templo de San José y del Centro Histórico de la capital michoacana.