La contaminación del río Tijuana continúa como un problema ambiental que afecta a ambos lados de la frontera, debido al flujo de aguas residuales y residuos que atraviesan Tijuana, ingresan a Estados Unidos y terminan en el océano Pacífico. Organizaciones ambientalistas advierten que las lluvias pueden movilizar los desechos acumulados hacia el cauce y agravar la situación.
El río es intermitente y nace en México antes de atravesar Tijuana y desembocar al sur de San Diego, California. La problemática también ha llegado a instancias del Tratado entre México, Estados Unidos y Canadá (T-MEC), luego de que organizaciones estadounidenses cuestionaran la aplicación de las leyes ambientales mexicanas en el manejo de las aguas residuales.
Ante el riesgo de lluvias intensas asociadas con El Niño, autoridades de ambos países realizan trabajos preventivos. En Tijuana, la Comisión Estatal de Servicios Públicos de Tijuana (CESPT) reportó la remoción de 4 mil metros cúbicos de azolve y labores de limpieza en la canalización del río. Estados Unidos y México también avanzan en obras de infraestructura para reducir el flujo de aguas residuales hacia el cauce.
El problema mantiene además una dimensión sanitaria. La Agencia para Sustancias Tóxicas y el Registro de Enfermedades (ATSDR) de Estados Unidos publicó en septiembre una evaluación sobre la presencia de sulfuro de hidrógeno en el aire del valle del río Tijuana y sus posibles efectos en las comunidades cercanas.