La presidenta Claudia Sheinbaum descartó que los recientes incidentes del Tren Maya estén relacionados con deficiencias en el mantenimiento y atribuyó los problemas a errores humanos. Tras la salida parcial de un vagón de las vías el 31 de agosto, cerca de la estación San Francisco de Campeche, afirmó que el sistema recibe mantenimiento permanente y que el caso es investigado. No hubo personas lesionadas.

Sheinbaum rechazó que los incidentes permitan hablar de un problema generalizado de seguridad y sostuvo que cada falla es revisada para determinar sus causas.

Con el caso de Campeche, el Tren Maya acumula al menos tres incidentes de descarrilamiento o salida de vía de trenes de pasajeros. El primero ocurrió el 25 de marzo de 2024 en Tixkokob, Yucatán, y el segundo el 19 de agosto de 2025 en Izamal. En enero de 2025 también se descarrilaron cuatro vagones de un tren de carga en Bacalar.

Los problemas no se limitan a las vías. En 2026 se documentaron al menos 25 episodios de fallas eléctricas y pérdidas de potencia. Una avería registrada en julio dejó a pasajeros varados durante hasta seis horas.

El Tramo 5, entre Playa del Carmen y Tulum, ha sido cuestionado por daños en estructuras, acero expuesto, desprendimiento de concreto y corrosión. Especialistas de la Universidad Iberoamericana también señalaron problemas de planeación y estudios geológicos insuficientes ante las condiciones del terreno kárstico.

El costo del proyecto pasó de una estimación inicial de entre 120 mil y 150 mil millones de pesos a más de 500 mil millones. En 2025, el Tren Maya registró pérdidas superiores a 3 mil 500 millones de pesos.

Pese a los cuestionamientos, Sheinbaum sostiene que el sistema opera con normalidad y cuenta con mantenimiento permanente.